Die Stadt Thun amtiert als Auftraggeberin für die HeGeBe Thun und ist Vertragspartnerin für den Bund und den Kanton. Sie trägt die strategische Verantwortung für die HeGeBe Thun. Sie hat den Verein für Behandlung und Integration suchtkranker Menschen (VBI) mit der Durchführung der HeGeBe Thun beauftragt.

Für die ärztlichen Dienstleistungen hat die Stadt Thun einen Zusammenarbeitsvertag mit den Universitären Psychiatrischen Diensten Bern (UPD) abgeschlossen.

Die Verantwortung für die HeGeBe Thun ist dem Verein übertragen und in den Statuten geregelt